การผ่าตัดรากฟันเทียมจะเสร็จสิ้นใน 3 ขั้นตอน คือ ระยะที่ 1 เป็นการฝังรากเทียม ซึ่งโดยทั่วไปจะใช้เวลาประมาณ 2 เดือน; ขั้นที่ 2 คือการวางหลักยึด; ขั้นตอนที่ 3 ทำการหล่อและวางมงกุฎ ระยะเวลารวมจะแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับความแตกต่างของแต่ละบุคคล โดยส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับการบูรณาการของกระดูกของกระดูกถุงลม บางคนมีการรวมตัวของกระดูกที่ดีและสามารถทำขั้นตอนที่ 2 และ 3 ได้เร็วขึ้น เช่นเดียวกับที่ระยะเวลาในการรักษาบาดแผลที่ผิวหนังของแต่ละคนแตกต่างกัน
ขั้นแรกคือการเตรียมตัวก่อนการผ่าตัด จำเป็นต้องมีการตรวจร่างกายอย่างเต็มรูปแบบ- และต้องรักษาอาการที่ซ่อนอยู่ เช่น ความดันโลหิตสูงและเบาหวาน ต้องทำความสะอาดฟันผุและโรคปริทันต์อักเสบในปากและต้องรักษาสุขอนามัยในช่องปากที่ดี
ขั้นตอนที่สองคือการฝังรากฟันเทียม หลังจากการดมยาสลบ จะใช้เครื่องฝังรากฟันเทียมเพื่อใส่รากฟันเทียมเข้าไปในกระดูกถุงลมอย่างแน่นหนา ช่วงนี้กระดูกและรากฟันเทียมจะใช้เวลาประมาณ 3-4 เดือนจึงจะหาย
หลังจากที่กระดูกหายดีแล้ว จะทำการผ่าตัดขั้นที่ 2 หมากฝรั่งถูกตัดออก และวางหลักยึดเพื่อการรักษาไว้ ภายในเวลาประมาณ 20 วัน จะมีการพิมพ์ลายเพื่อทำมงกุฎ ในที่สุด จะมีการติดหลักยึดและครอบฟันที่เตรียมไว้ และขั้นตอนการปลูกรากฟันเทียมทั้งหมดจะเสร็จสิ้น